张掖市文物保护研究所前身是1992年9月经张掖地区行署批复成立的张掖地区马蹄寺文物管理研究所，负责全国重点文物保护单位马蹄寺石窟群的文物研究、保护、管理和开发利用。初设编制十人，科级建制，隶属地区行署文化处。2002年更名为张掖市文物保护研究所，今隶属于张掖市文化广电和旅游局。主要职责是宣传文物保护政策，为机关文物工作提供技术支撑和服务保障；承担马蹄寺石窟群和甘州区境内明长城的保护维修和研究；开展全市境内各类文物的考古调查、抢救性发掘、保护研究；对全市文物资源价值挖掘整理和弘扬利用；申报和实施文化遗产保护相关领域研究课题，开展有关学术活动等。

该所核定编制10名，现有在职人员9人。其中专业技术人员8人，工勤人员1人。职称结构：副高级职称4人，中级职称1人，初级职称3人，中级工1人。学历情况：硕士研究生学历3人，大学学历3人，大专学历2人，中专及以下学历1人。

该所成立二十多年来，认真贯彻执行党的文物工作方针，守土尽责真抓实干，在文物调查、保护、发掘、整理、研究、宣传等方面作了大量的工作，为推动全市文化遗产保护工作，服务华夏文明传承创新区建设作出了积极贡献。截至目前申报了马蹄寺石窟群文物本体保护、考古调查、保护规划、文物数字化展示利用等项目30余个，申报资金近1.2亿元；申报国家自然和文化遗产基础设施建设项目、国家文物局石窟石刻预防性保护项目、甘州区境内明代独立烽燧保护维修项目等25个，申报资金近2亿元。已实施和正在实施马蹄北寺和千佛洞岩体加固工程、金塔寺石窟岩体病害治理工程、马蹄寺石窟群安防工程、马蹄寺石窟群基础设施建设、马蹄寺石窟群观音洞窟区数字化保护、马蹄寺石窟群千佛洞窟区岩体加固及渗水治理工程、明长城甘州区境内烽燧遗址保护修缮等项目近20个，争取资金6000多万元。无论是项目实施数还是资金争取数均走在了全省的前列。

配合基础设施建设完成文物勘探和抢救性发掘160000多平方米，清理出土文物3000余件套；完成了长城资源调查、明代独立烽火台调查、全国石窟寺专项调查等重大文物调查项目。完成了第三次全国文物普查（2007－2011年）分配任务和马蹄寺石窟群区浮雕舍利塔（龛）、甘州区城区古民居全面摸底调查；与中国社会科学院考古研究所联合开展《中国石窟寺考古中长期计划（2021－2035年）》重点项目－－金塔寺石窟考古调查项目。2022年2月被国家文物局表彰为全国石窟寺调查先进单位。

业务人员先后在国家、省级专业性刊物上发表论文或调查报告（简报）30多篇；编辑出版了《张掖石窟研究文集》《马蹄寺石窟》《金塔寺石窟》《文殊山石窟》《临泽沙河汉晋墓葬》等学术专著，其中《马蹄寺石窟》等丝绸之路石窟艺术丛书获得张掖市第五次社会科学奖一等奖，受到市委、市政府表彰奖励；承担完成省级文物保护科学和技术研究科研课题《马蹄寺石窟群摩崖佛塔重点保护技术研究》《马蹄寺石窟群维修题记及游人题记调查研究》2项。被市委组织部、市人社局授牌成立市级专家科研工作站对文物保护领域重点课题展开攻关并转化利用。被市委人才工作领导小组办公室授予优秀人才专家工作室牌子。承办了丝绸之路古城邦国际学术研讨会和第五届绿洲论坛·丝路文化弘扬与华夏文明传承创新区建设专题研讨会并集结出版论文集两部。