秘书科

负责机关文秘、档案及各类会议的承办；负责机关政治理论学习、党建、党风廉政建设、精神文明、意识形态、机要保密等工作；负责机关组织人事、机构编制、财务管理、后勤服务、安全保卫等工作；承办领导交办的其他各项工作。

业务指导科

贯彻执行国家、省、市关于档案工作的方针政策和法律法规，配合对市直党政机关、人民团体、企事业单位和县（区）档案工作进行指导和监督；配合做好全市档案规范化管理测评、档案馆业务建设评价、重大建设项目档案验收、行政执法监督检查及行政案件查处、档案业务培训和档案事业的统计工作。

档案管理科

负责市直党政机关、人民团体、企事业单位重要档案的收集、整理、鉴定工作；负责现行档案的著录标引和照片档案的积累整理；负责馆藏历史档案的整理、编目、鉴定工作；负责历史档案的著录标引和开放前审查工作，对破损历史档案进行托裱、加固、修复、抢救；负责馆藏档案的安全保管、提供利用和统计分析工作。

编纂研究科

负责档案史料研究和编纂出版工作；围绕重点工作和社会热点，编写档案资政参考；筹办档案展览，开发档案文化产品，讲好档案故事；档案学术研究和档案科技项目策划实施工作；红色档案史料征集、管理和开发利用工作。

信息科、档案信息服务中心

负责档案信息数字化服务。贯彻落实国家、省、市关于档案信息化建设的法律法规、政策及发展规划，承担张掖市数字档案馆日常运行维护、资源备份和安全管理工作，负责市级电子档案数据的接收、审核、长期有效保存及档案信息资源库建设。