清代初期沿用明代旧制，甘州仍是陕西行都司的治所。清初重武轻文，甘肃镇总兵的级别高于甘肃巡抚，逐步形成文武大员异地分治的局面。陕西行都司的卫所制也逐步裁并，向府县制过渡。

清康熙二年（1663年），置甘肃提督，节制各镇总兵。甘肃提督驻甘州，甘肃巡抚驻兰州，甘肃文武大员异地分治的格局固定了下来。

清雍正元年（1723年），大将军年羹尧平定青海罗卜藏丹津叛乱之后，奏请朝廷改卫所制为府县制。雍正三年正式罢陕西行都司，置甘州府，以甘州左右二卫所改置为张掖县，裁山丹卫改置山丹县，合并高台、镇夷两守御千户所，改置高台县。甘州府隶属于甘山道，直辖张掖、山丹、高台三县。

清乾隆八年（1743年），将甘山道并入甘肃道，道治在肃州，甘州府隶属于甘肃道，不久又改隶于甘凉道，道治在凉州。因张掖县地域辽阔，清乾隆八年（1743年）时，在张掖东部的东乐另置一个东乐分县，徙张掖县丞驻东乐，辖属1驿14堡。清乾隆十五年（1750年），又分出张掖县西部另置抚彝厅，辖属2驿24堡。清乾隆四十三年（1778年）统计，甘州府1厅2县合计人口809540人，其中民户人口280470人，屯户人口529070人。从这个数字上可以看出，清代时甘州的人口已相当稠密。

清代府县的编制等级分明，甘州知府为从四品官，下有同知（正五品），通判（正六品），属吏有经历、知事、照磨、司狱等。各县的知县为正七品，下有县丞（正八品）、主薄（正九品）为佐贰，还有典史为属吏。县衙编制尚有门子、皂隶、马快、民壮、禁卒、轿夫、草库、斗级等。

进入民国年间后，废府存道、厅、州，分县一律改称县。到民国十八年（1929年），改抚彝县为临泽县，移东乐县城于洪水镇，改名为民乐县。